Algunas autores afirman que Cristóbal Colón no era genovés ni hijo de cardadores de lana. Era hijo ilegítimo de Margalida Colón y del príncipe navarro Carlos de Viana, primo de la reina Isabel la Católica; por este
motivo se cree que la reina ayudó a Colón en sus viajes.
Juan de la Cosa fuera de ser un práctico piloto marino, era armador de barcos y vendió a Cristóbal Colón para su primer viaje la nao "La Gallega". Colón le cambió el nombre por la Santa María y a las dos carabelas que participaron en el descubrimiento las bautizó "La Pinta" y "La Niña".
El dueño anterior de "La Pinta" era de apellido Pinto y La Niña, que antes se llamaba "La Santa Clara" era en ese momento de un armador de apellido Niño.
En su primer viaje Colón sale de Palos el viernes 3 de agosto de 1492 y a las dos de la mañana del 12 de octubre Rodrigo Triana, marinero de La Pinta que iba a la cabeza de la flota avista tierra. Colón desembarca en esta isla que los nativos llamaban Guanahaní y la bautizó como San Salvador. Actualmente hace parte de las Bahamas. El oro con el que algunos indios se adornaban procedía del sur (Perú).
El 25 de diciembre de 1492, por un descuido de su piloto encalló "La Santa María" y con los restos de esta se construyó un fuerte en la isla la Española (Haití) al cual llamaron Navidad siendo el primer poblado europeo en América. En él quedaron treinte y nueve españoles ávidos de oro. Colón inicia su regreso a España el 16 de enero de 1493.
El segundo viaje se componía de diez y siete embarcaciones siendo la mayor la María Galante. Zarpó de Cádiz el 25 de septiembre de 1493 trayendo ganado bovino y porcino, asnos, caballos, cepas de vid y semillas de diversas plantas. Entre las dos mil quinientas personas venían doscientos hidalgos, seis frailes y clérigos. En Canarias cargaron caña de azúcar, enormes perros (amaestrados para cazar indios) y diversas armas.
La primera isla que descubre en este viaje fue Dominica ya que al salir de España navegó diez grados más al sur buscando el codiciado oro (Perú), luego descubre a Guadalupe, Islas Vírgenes y Puerto Rico. Se dirige a Haití a la Bahía de Samaná buscando el fuerte Navidad pero antes de llegar, en la desembocadura del río Yaque, encontraron cuatro cadáveres con sogas al cuello en estado de descomposición. Sin saber el triste fin de este primer poblado desembarcó encontrando muerte y ruinas, pues los indígenas cansados de los atropellos de los españoles que se apoderaron de sus mujeres y de la permanente exigencia de oro, se rebelaron y les declararon la guerra. Unos españoles se refugiaron en el interior de la isla pero fueron cazados y exterminados, otros trataron de escapar en una barca pero esta naufragó muriendo ahogados.
Colón fundó en esta misma isla una ciudad que llamó la Isabela (diciembre 7 de 1493). Envió a explorar el interior de la isla a Alonso de Hojeda el cual encontró oro e indios pacíficos pero trajo enfermos de fiebre amarilla selvática (arbovirus grupo b). Colón envió a Antonio Torres a España al mando de doce navíos, con muchos hombres enfermos y otros que no soportaron la incomodidades ya que muchos eran hidalgos que vivían a expensas de sus familias, solicitando a los reyes el envío de provisiones que pagaría con oro y con indios esclavos. Por este manuscrito Colón es señalado como el iniciador de la esclavitud en América.
Diego, su hermano, quedó con quinientos hombres en la Isabela y Colón partió al mando de tres pequeños barcos hacia Cuba, luego se dirigió hacia Jamaica donde los indios le habían indicado que se encontraba el oro (Perú); llega hasta el meridiano setenta y ocho y al no encontrar lo que buscaba regresó a Cuba. Después de recorrer sus costas decidió regresar a La Española pero como era la época de los huracanes, los vientos empujaron sus naves hacia el sur y occidente de Jamaica por lo que se cree que en esta oportunidad descubre las Islas de San Andrés y los cayos circunvecinos; cuando el tiempo mejoró pudo llegar a La Española pero aquejado de una dolencia (paludismo) que lo postró en la cama cinco meses.
Durante su ausencia su hermano Bartolomé trajo de España tres navíos con soldados y provisiones, pero un grupo de españoles se apoderó de ellos clandestinamente regresando a España; los recién llegados enloquecidos por el oro y las indias se dedicaron a cometer todo tipo de atropellos. Los indios les declararon la guerra y Colón con poco menos de doscientos cincuenta hombres los enfrentó con espadas, arcabuces, caballos que pisoteaban a los indios y los temibles perros que los destrozaban a dentelladas; derrotándolos después de nueve meses de combate. Les fueron impuestas grandes contribuciones de oro y algodón. Debido al sarampión y la viruela que los españoles trajeron de Europa, la población indígena prácticamente desapareció; los pocos hombres que quedaron fueron sometidos a la esclavitud para trabajar en los cultivos y las indias para su servicio.
Debido a las enfermedades, especialmente la fiebre amarilla, los españoles abandonaron La Isabela y en la costa occidental de esta isla, Bartolomé Colón fundó a Santo Domingo en 1496.
El 19 de abril de 1495 la Corte emitió la Real Cédula abriendo las puertas del Nuevo Mundo y permitiendo a todo súbdito de Castilla trasladarse a las nuevas tierras descubiertas por Colón con la condición de entregar al fisco las dos terceras partes del oro que rescataran de los indios y la Corona se comprometía a suministrar víveres a los colonos por un año. Al conocer esta resolución Colón regresa a España a defender sus derechos.
Colón tuvo dificultad para organizar su tercera expedición ya que lo consideraban un fracasado. Debió entonces recurrir a los reyes solicitando permiso para que los presos que quisieran venir quedaran libres. Sólo logró armar seis pequeños barcos y una tripulación de trescientos hombres. Colón partió del puerto de San Lúcar de Barrameda el 30 de mayo de 1498 llegando a la Isla de Trinidad y a la península de Paria (Venezuela) y descubrió una isla que llamó Margarita (Venezuela) en recuerdo de su madre.
Sintiéndose enfermo al parecer de paludismo va a La Española, donde encontró un verdadero caos ya que los españoles se habían levantado en armas contra su hermano Bartolomé dirigidos por el escudero Francisco Roldan. En 1500 la Corona envió a La Española como gobernador a Francisco de Bobadilla, éste puso preso a Colón ya sus hermanos Bartolomé y Diego y los envió a España; Bobadilla se ganó el aprecio de los habitantes ya que no cobraba sino una pequeña parte del impuesto de la Corona, por lo que la Corte nombró a Nicolás de Ovando como nuevo gobernador. Colón y sus hermanos fueron exonerados posteriormente.
En 1499 la Corona puso fin al monopolio de Colón frente al descubrimiento de nuevas tierras en el Nuevo Mundo lo que motivó a algunos de sus ex compañeros a probar fortuna en las Indias Occidentales. Uno de los primeros en obtener permiso fue Pedro Alonso Niño (Peralonso) quien había participado como piloto en las tres expediciones de Colón. En julio de 1499 en una pequeña embarcación llegó hasta el Golfo de Paria situado entre Venezuela y la Isla de Trinidad y luego de recorrer trescientos kilómetros de las "Costas de las Perlas" donde recogió gran cantidad de ellas, regresó a España llamando la atención tan valioso botín y motivando a otros a emprender esta empresa.
Por esa misma fecha Alonso de Hojeda llegó a las costas de la Guayana en compañía de Américo Vespucio y del práctico piloto Juan de la Cosa que había navegado con Colón y conocía la zona. En las bocas del Orinoco perdieron veinte hombres luchando contra los indios, siendo esta expedición un fracaso financiero pues no obtuvieron perlas ni oro en cantidades importantes. En esta expedición descubrieron las costas de Venezuela llamada así por la cantidad de palafitos que les recordó a Venecia (Italia), el golfo de San Bartolomé o "Coquibacoa" hoy de Maracaibo y la isla de Curazao.
Continuaron navegando y el 24 de agosto descubren la península de La Guajira y el Cabo de la Vela, cuando lo doblan hacia occidente le dan el nombre a la Serranía de Carpintero como Monte de Santa Eufemia, pasan frente a la costa de la Sierra Nevada de Santa Marta y regresan a España donde a Hojeda se le nombra gobernador de Coquibacoa; en 1502 regresa a tomar posesión de sus tierras al mando de cuatro navíos, fracasa al intentar fundar una población en Bahía Honda (Guajira); por diferencias en el mando con sus inmediatos Ocampo y Vergara, es puesto preso y enviado a la Española (Santo Domingo).
En noviembre de 1499 salió de las costas españolas Vicente Yáñez Pinzón, atravesó por primera vez el Ecuador, descubrió parte del Brasil, la desembocadura del Amazonas y la Isla de Tobago.
En diciembre del mismo año y del mismo puerto de Palos partió la expedición de Diego de Lepe, quien dobló la saliente oriental de Brasil (Recite) y del que los españoles comenzaron a sospechar era un nuevo continente.
En 1501 siendo notario del barrio de Triana en Sevilla Rodrigo de Bastidas, fletó dos naves y partió del puerto de "Las Muelas" sobre el río Guadalquivir (Río de la vida). Como piloto de una de sus naves iba Juan de la Cosa; la tripulación estaba compuesta por andaluces y vascos, entre ellos Vasco Núñez de Balboa. Bastidas navegó desde la península de La Guajira hasta el Istmo de Panamá llegando hasta el puerto del Escribano, llamado así por la tripulación en honor a Bastidas y que meses después las gentes de Colón llamarían "El Retrete". En su recorrido avistó la Sierra Nevada, recaló en la bahía que denominaría de Santa Marta (23 de febrero) descubrió las desembocaduras del río Grande de la Magdalena (22 de marzo) al que quiso llamar "Nuevo Guadalquivir".
En su nacimiento, a este río los indios lo llamaban Guaca - Hayo o Guacacallo (en Quechua significa río de las Tumbas). Bastidas descubre además la bahía de Cartagena y la desembocadura del Cenú (Sinú). Regresó a La Española, cargado de oro, perlas, palo brasil e indios esclavos, a reparar los barcos que se encontraban en malas condiciones después de sortear un temporal; pero el visitador Bobadilla lo apresó y lo remitió a España de donde salió libre de las acusaciones especialmente de mal trato a las comunidades indígenas, argumentando en su defensa que estas tribus eran antropófagas y sanguinarias. Las autoridades lo indemnizaron y expidieron el decreto real de 1503 que permitía matar y reducir a la esclavitud a los indígenas.
En las arenas del Atrato encontró oro en granos, siendo la primera vez que enviaron a España oro en esta forma. A la bahía de Cartagena le dio el nombre Golfo de Barú pero en 1503 por recomendación de Juan de la Cosa, la reina Isabel de Castilla la llamó de Cartagena. Bastidas regresaría en 1525 para fundar a Santa Marta.
Aprovechando el decreto de 1503, Pedro Alonso Niño, quien había sido piloto de Colón y había incursionado en 1499 por los lados de Venezuela junto con los hermanos Cristóbal y Luis Guerra y Juan de la Cosa, armaron siete naves desembarcaron y atacaron a los indios Taironas.
Los hermanos Guerra y Niño prosiguen por la costa, desembarcan por los lados de la desembocadura del Magdalena, se reúnen con De la Cosa y comienzan la cacería de indios tomando prisioneros a más de quinientos y un gran botín de oro y perlas. Esta expedición empezó a fracasar con la muerte de Cristóbal Guerra a manos de los indios Calamaries por los lados de Punta Canoas (cerca de Cartagena), los demás siguieron en su cacería hasta El Darién donde naufragó Luis Guerra. En estas costas murieron gran cantidad de españoles e indios a causa de fiebre amarilla, paludismo y disentería; en dos pequeñas naves lograron los sobrevivientes llegar a Jamaica y en 1507 regresaron a España al mando de Juan de la Cosa con apenas cuarenta hombres de los doscientos cincuenta que partieron y sin ningún esclavo indio.
En 1502 sale Colón para su cuarto y último viaje al mando de cuatro naves y ciento cincuenta hombres, entre ellos su hermano Bartolomé y su hijo de trece años Hernando. Cuando llegó a Santo Domingo solicitó permiso al gobernador Nicolás de Obando para recalar en la ensenada teniendo en cuenta que se estaba formando una tormenta en el Atlántico y sus naves no resistirían, el cual le fue negado. Sus enemigos Bobadilla y Roldan naufragaron al embarcarse para España desoyendo las advertencias; las naves de Colón en cambio soportaron el temporal. Colón es considerado el primero en predecir un huracán.
Colón recorre las costas de Haití, Cuba y Jamaica, navega al occidente llegando a Honduras; allí conoce las semillas de cacao utilizadas como monedas por los indios y lo delicioso de su bebida.
Navega toda la costa de Nicaragua (Mosquitos), Costa de Oro (Costa Rica), Veraguas (Panamá) donde se enteró de la existencia de otro océano (Pacífico) y de un pueblo al sur rico en oro (Perú); llega hasta las costas del Chocó y ante la hostilidad permanente de los indios optó por retornar a Jamaica desde Sapzurro; dobla el Cabo Tiburón (Colombia) pero durante el regreso un huracán que duró nueve días afecta las naves y lo obliga a atracar en la desembocadura del río Veraguas donde fundó un poblado el 6 de enero de 1503 (Belén) dejando a su hermano Bartolomé al mando de la población compuesta de ochenta hombres y varias mujeres la cual duró muy poco por la discordia de sus pobladores y los ataques de los indios.
En la bodega del barco principal habían cincuenta indios cautivos los cuales se ahorcaron durante una noche; ante este hecho Colón decide regresar a Jamaica y en su regreso recala en la isla de San Andrés.
Colón falleció en Valladolid el 20 de mayo de 1506 y es enterrado en el Convento de San Francisco; siete años más tarde sus restos son trasladados a la Cartuja de las Cuevas en Sevilla; en 1536 junto con los restos de su hijo Diego son llevados a Santo Domingo y en 1796 a la Catedral de La Habana. Se cree que reposan en la catedral de Sevilla desde 1898.
En 1508 Vicente Yáñez Pinzón y Juan Díaz Solís recorrieron el Golfo de Honduras hasta el Darién buscando un paso al mar del sur; al fracasar en su búsqueda y luego de llenar las bodegas de sus barcos con indios esclavos regresaron a España.
Ese mismo año Alonso de Hojeda y Diego de Nicuesa reciben autorización real para fundar poblaciones y recorren el territorio descubierto por Bastidas. La Corona le otorga al primero el territorio comprendido desde el golfo de Urabá hasta la península de La Guajira llamándola Nueva Andalucía y al segundo desde el golfo de Urabá hasta el golfo de San Juan del Norte (límites Costa Rica-Nicaragua), a esta región se le dio el nombre de Castilla de Oro.
Acompañando a Hojeda venía el experimentado piloto y cazador de indios Juan de la Cosa. Al desembarcar en el sitio Calamarí en 1509 fueron atacados por los belicosos indios Yurbacos y al salir en su persecución cerca de Turbaco (Bolívar) muere De la Cosa alcanzado por una flecha envenenada.
Hojeda fundó la primera población en territorio colombiano conocida como San Sebastián de Urabá (1509) de corta duración por lo malsano del clima, la escasez de productos agrícolas, el ataque permanente de los indígenas y la indisciplina de sus habitantes por lo que Hojeda impuso fuertes castigos como los azotes, el ahorcamiento y la amputación de las manos a los ladrones. Envió a La Española oro y esclavos indios pero sus acreedores decomisaron este cargamento teniendo que viajar él mismo a esta isla a pedir ayuda embarcándose en una nave pirata que había llegado con un cargamento de cerdos, la cual se dirigió a Cuba huyendo de las autoridades españolas. Con dificultad se trasladó Hojeda a La Española de donde no regresó falleciendo allí en 1515.
Antes de su viaje dejó encargado a Francisco Pizarro del gobierno de San Sebastián, pero como pasaban los meses y Hojeda no regresaba y de los trescientos hombres que inicialmente llegaron no quedaban sino cincuenta, optaron por abandonar la población en dos barcos que quedaban con tan mala suerte que uno de ellos se fue a pique con toda su tripulación, el otro se fue bordeando la costa y cerca de la desembocadura del río Magdalena tuvo el feliz encuentro con el barco de Martín Fernández Enciso, socio de esta empresa que iba en su ayuda. Éste los obligó a regresar pero antes de arribar el barco que llevaba las provisiones naufragó y cuando llegaron al pueblo encontraron que éste había sido incendiado por los indios. Ante esta situación un joven que venía con Fernández Enciso llamado Vasco Núñez de Balboa quien ya había recorrido con Bastidas estas costas, propuso que pasaran al territorio de Castilla de Oro al otro lado del Atrato, tierras de Nicuesa y allí en una población indígena encontraron alimentos, mantas de algodón y oro. El bachiller Enciso fundó en este sitio la segunda población en territorio colombiano llamada Santa María la Antigua del Darién a cinco leguas del Golfo de Urabá y a orillas del río Guti que desemboca en un brazo del Atrato; este poblado fue capital de la gobernación de Castilla de Oro. Allí se fundó el primer obispado con iglesia catedral; llegó a tener más de tres mil habitantes; el clima era más benigno, producía yuca, maíz y caña de azúcar; se criaban cerdos y ganado vacuno. Balboa solicitó al rey para el poblamiento de esta próspera comunidad el envío de españoles nacidos en las islas de las Antillas por ser más fuertes para el trabajo y soportar mejor las enfermedades que los que llegaban de España, además del envío de esclavos negros.
Como Enciso perdió el apoyo de su gente al ordenar que parte del oro que ellos tomaban de los indios había que destinarlo a la Corona Española, eligieron a Balboa como su gobernante. Nicuesa protestó por esta fundación hecha en su territorio, Balboa lo detuvo y lo embarcó en una destartalada nave con pocos tripulantes y escasa comida y agua, naufragando al parecer en los Cayos de Roncador; Balboa asumió el mando de las tropas de Nicuesa y de las pocas que quedaban de Enciso.
Balboa aprovechó la rivalidad entre las tribus circunvecinas y logró obtener información de su amigo el cacique Ponca para llegar al otro mar (océano Pacífico) y por él navegar a un reino rico en oro llamado "Pirú".
El 1 de septiembre de 1513 partió Balboa de la desembocadura del Atrato al mando de diez canoas y una barca, navegó hacia el norte llegando a los tres días a Punta de Careta, subió las sierras que cruzan el Istmo de Panamá conducidos por Panquiaco hijo del cacique Comagre y el martes 27 de septiembre al coronar la última cuesta (Sierra de Quereca), Balboa y su fiel perro "Leoncillo" divisan la inmensidad del nuevo océano llamado "Mar del Sur" y el 29 pisa las arenas del golfo que bautizó como San Miguel. Entre los 67 expedicionarios que acompañaban a Balboa se encontraban Sebastián de Belalcázar y Francisco Pizarro.
A Balboa le desconocieron su título de descubridor, en cambio enviaron a Pedro Arias Dávila (Pedrarias) al mando de 22 navíos y 1500 soldados de familias hidalgas nombrándolo Gobernador de Castilla de Oro, pero al poco tiempo de llegar, los soldados comenzaron a morir víctimas de la fiebre amarilla y el paludismo.
Balboa preparó una serie de expediciones hacia el sur sin autorización de Pedrarias. Esto, sumado al fin trágico que le dio a Nicuesa, hizo que Pedrarias diera la orden a Francisco Pizarro de detener a Balboa. Una vez apresado fue paseado en una jaula, y condenado a muerte por decapitación el 12 de enero de 1519 en Ada (Panamá).
Pedro Arias Dávila funda a Ciudad de Panamá el 15 de agosto de 1519 siendo el primer poblado español en el Pacífico, sus primeros pobladores llegaron de Santa María la Antigua, la que habían abandonando lentamente hasta su completa desaparición debido a su clima malsano. En Panamá comienza en firme la exploración de las tierras de Chiriquí y Veraguas y las expediciones al Perú y más tarde a tierras del Cauca.
Para 1522 Pascual de Andagoya había navegado la costa Pacífica desde el golfo de Panamá hasta la desembocadura del San Juan (Chocó), explorado la serranía del Baudó y descubierto las bahías de Cupica y Tribugá. Su piloto Juan de Ladrilleros había descubierto más al sur la bahía que llamó de La Cruz de Buenaventura o de San Buenaventura y por éste conoció de la existencia de un rico imperio llamado del "Perú".
En 1524 Francisco Pizarro y Diego de Almagro llegaron hasta la desembocadura del San Juan y en 1526, con la ayuda del canónigo Hernando de Luque quien dio veinte mil pesos en barras de oro para la empresa que proyectaban, continuaron la exploración hasta la desembocadura del río Mira; de aquí enviaron más al sur una nave al mando de Bartolomé Ruiz quién pisó las costas peruanas regresando con indios y oro.
En 1527 Pizarro y Almagro llegaron hasta la desembocadura del río Patía.
Almagro regresó a Panamá, Pizarro se quedó con unos pocos compañeros en la Isla Gorgona, trazó una línea en la arena para los que quisieran proseguir, trece lo hicieron. En una pequeña nave exploró las costas de Ecuador hasta llegar al Perú donde pudo constatar su riqueza.
Regresó a España con indios, llamas y vasijas de oro y plata. Fue puesto preso por deudas pero el rey Carlos I no sólo ordenó dejarlo en libertad sino que lo autorizó para conquistar el Perú, lo nombró gobernador y le facilitó los medios económicos para esta empresa. En seis meses preparó la expedición compuesta de tres naves, ciento ochenta y cinco hombres y algunos caballos. Llegó a Panamá en 1531 acompañado de sus hermanos y en las costas ecuatorianas, cerca de Guayaquil, los indios les ocasionaron grandes bajas por lo que decidieron acampar durante varios meses en la región de Túmbez a la espera de más hombres y caballos.
Durante su estadía conocieron de la lucha interna que libraban desde 1530 los hermanos jefes incas Huáscar y Atahualpa. Éste contaba con el apoyo del reino de Quito y ya había vencido a Huáscar en la batalla de Huamanchucú. Atahualpa propuso a su hermano unir fuerzas para derrotar a los intrusos, pero ante la negativa se unió a los españoles logrando derrotar a su hermano y darle muerte.
Atahualpa era hijo de Huaina Capac y de Cacha, ésta de la realeza inca de Quito. Al morir Huaina dividió su imperio entre sus dos hijos: la parte norte o sea el reino de Quito a Atahualpa y el resto la parte sur que era más extensa a Huáscar.
Esta lucha fratricida facilitó la conquista del imperio Inca por los españoles. Pizarro estableció una base en la costa en San Miguel de Piura.
Francisco y Gonzalo Pizarro llegaron a Cajamarca en noviembre de 1532 donde los esperaba Atahualpa con cinco mil guerreros, los Pizarro sólo contaban con ciento dos hombres de a pie de los cuales ventitrés poseían armas de fuego (arcabuces y mosquetes), y sesenta y dos caballos. Belalcázar trazó un osado plan logrando capturar a Atahualpa por el que pidieron un inmenso rescate en oro que este jefe ofreció y cumplió en parte entregando el equivalente al millón y medio de pesos, pero Francisco Pizarro lo condenó a muerte aplicándole el garrote vil previo bautismo por el dominico Valverde.
En el Cuzco en 1533 Pizarro proclamó como soberano del Perú al hijo de Huáscar, Manco Capac número diez y seis de los incas. El primer Manco Capac gobernó de 1021 a 1062.