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Las bacterias son organismos en su mayoría heterótrofos que se nutren a expensas de organismos vivos o muertos. En el primer caso pueden ser fuente de enfermedades, pero también pueden ser beneficiosas al formar asociaciones con otros organismos, como el caso de las bacterias del tubo digestivo de los rumiantes o las bacterias fijadoras de nitrógeno presentes en las raíces de las leguminosas. También hay bacterias fotosintéticas (que utilizan la luz solar como fuente de energía) y quimiosintéticas (que utilizan la energía química resultante de reacciones de oxidación-reducción).