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Los cursos de agua se contaminan con toda clase de residuos y productos químicos, que provocan la muerte y la desaparición de la fauna y flora.

Muchos ecosistemas acuáticos son particularmente sensibles a la contaminación. Piénsese que, en definitiva, constituyen muy a menudo el sumidero último donde se acumulan todos los productos. El incremento de la materia orgánica, como consecuencia del vertido de residuos, inicia en ellos un tipo de sucesión ecológica, desgraciadamente muy común, que recibe el nombre de eutrofización.

Si la cantidad de materia orgánica presente excesiva para la capacidad auto depurativa del ecosistema, se observa en las cuencas lacustres una inicial turbiedad en las capas superficiales a causa del aumento del fitoplancton. A medida que esta materia cae hacia las capas profundas, se produce como consecuencia de su exceso, un empobrecimiento del contenido en oxígeno en tales capas, y, en consecuencias, no toda la materia puede ser oxidada (el agua se torna ligeramente acida y poco apta para su uso) y, finalmente, el exceso de materia orgánica no degrada se sedimenta sobre el fondo, dando lugar a determinados fenómenos indeseables, como la formación del gas sulfhídrico, o la disminución de la transparencia de las aguas —que toman un color verdoso— e, inicialmente, el aumento de la diversidad, en todos los niveles (productos primarios, consumidores de primer y segundo nivel, etc.).

En realidad, todo ello es consecuencia de la presencia excesiva de nutrientes, pero que es, además, las aguas deben recibir no solo materia orgánica sino también nitratos y fosfatos —en cantidades cada vez mayores—procedentes de los abonos utilizados en la agricultura y lavados por el agua de riego y de lluvia. Algunas bacterias pueden transformar aquellos nitratos, de manera que estos pueden reaccionar con la hemoglobina, disminuyendo la capacidad de transporte de oxígeno y agravando su déficit. Por su parte, los aportes de fosfatos (procedentes de los abonos y de los polifosfatos —actualmente prohibidos en muchos países— contenidos en los detergentes domésticos), al aumentar las disponibilidades, de tales bioelementos no hacen otra cosa que agravar el problema, al facilitar el cebado de las cadenas tróficas del ecosistema.

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